《內經》與人體解剖
《內經》對人體解剖知識，如臟器質地，大小，腸胃的容量及血管的長短等，都有詳細記載。尤其血液迴圈的概念，呼吸與脈博頻率的比例等，遠比西歐早得多。《內經》巳明確人體十二經脈，奇經八脈，創始了祖國醫學中的重要學說之一一一經絡學說。在疾病證治方面巳初步確立了辨證施治的原則。對藥性的理論，提出了寒，熱，溫，涼四氣，酸，苦，甘，辛，鹹五味等概念，以及氣味厚薄，升降浮沉的作用，並指出五味入五臟的原理，也就是後世歸經學說的本源。
秦漢時代，醫藥又進一步迅速發展起來。這時出現了《神農本草經》，它是我國曆史上第一部藥學著作，其內容豐富廣泛，所載藥物許多都有確實療效，如水銀治療疥瘡，麻黃止喘發汗，常山截瘧，大黃瀉下等。而且很多都是世界上最早的記載，例如水銀治療面板病，要比阿拉伯和印度早500一一800年。《神農本草經》簡稱《本經》，全書共載藥365種，包括草，谷，米，果，木，蟲，魚，家畜，金石等。其中植物藥最多共有252種，動物藥67種，礦物藥46種。同時根據藥物的效能和使用目的不同，將藥劃分上，中，下三品，上品藥120種，大都屬於營養滋補的藥品，如人蔘，甘草，枸𣏌等，中品藥120種，有毒或無毒，可斟酌使用以控制疾病和補虛弱，如黃連，麻黃，黃芪，沙蔘等。下品藥125種，有毒或藥性強烈，可除寒熱破積聚，如大戟，芫花，烏頭，狼毒等。《本經》不僅對藥物療效作了總結，而且對藥物的產地，採集，炮製方法，劑型與療效的關係，以及君，臣佐，使的配伍原則等均作了一般記述，成為後世歷代本草的藍本。對我國和世界藥物學的發展具有一定的影響。
東漢末年，名醫張仲景通過“勤求古訓，博採眾方”，繼承前人所積累的.醫療經驗和理論知識，結合自己的臨證實踐，著了一部《傷寒雜病論》。經後人整理分為兩大部份，即《傷寒論》與《金匱要略》。《傷寒論》有嚴謹的理，法，方，藥等蜜切結合的醫療規程，豐富和發展了辨證施治的原則在臨床上的運用。直到現在仍為學習與研究祖國醫學必讀的經典著作之一。《金匱要略》論述了各種雜病的病因，預防，診斷和治療等問題，為後世醫學對雜病的治療奠定了基礎。
東晉葛洪在煉丹術方面有傑出的成就，著有《抱朴子》一書，集當時煉丹術的大成;曾用丹砂，雄黃……等原料，煉出了汞，砷，鉛等;在煉製過程中，並作過昇華，蒸溜等試驗，給後世的製藥化學開闢了道路。
南朝梁人陶巨集景在《神農本草經》的基礎上，又整理和總結了漢，晉以來所陸續增加的藥物365種，編成了《神農本草經集註》。陶氏不僅豐富了《本經》的內容，而且在整理註解和改正錯誤等方面作了相當的努力，可算為我國曆史上藥物學的第二次總結
三焦者，決瀆[1]之官，水道出焉。《素問•靈蘭祕典論》
【註釋】
[1]決瀆：意指疏通溝渠。決，開啟缺口，疏導水流。瀆，溝渠。
【論述】
全身的水液代謝，雖然是由肺、脾、腎、膀胱等多個臟腑協作完成的，但必須以三焦為通路;如果三焦水道不通利，亦然會出現小便不利、水腫等水液瀦留之症，所以《靈樞•本輸》也說：“三焦者，中瀆之腑也，水道出焉，屬膀胱，是孤之腑也”。“孤腑”的意思，是說明三焦雖為六腑之一，但與膽、胃、大腸，小腸、膀胱等腑不同。其他諸腑皆與相應的髒構成表裡關係，惟獨三焦無所配合，只是其下合穴出於足太陽膀胱的委陽，與膀胱相聯絡。張景嶽還分別指出了三焦病變的情形：“上焦不治，則水泛高原;中焦不治，則水留中脘;下焦不治，則水亂二便。”可見，三焦在水液代謝中的地位十分重要，故有“決瀆之官”、“中瀆之腑”的名稱。
通行水液是三焦的主要功能，除此之外，三焦還有其他二項作用。一是佈散營養，排出代謝產物，即如《靈樞•營衛生會》所說：“上焦如霧，中焦如漚，下焦如瀆”。和《難經•三十一難》所說：“三焦者，水谷之道路，氣之所終始也。”二是敷布原氣，總司人體氣化，如《難經•三十八難》說：“腑有六者，謂三焦也，有原氣之別焉，主持諸氣。”。三焦的這三種主要功能與現代醫學所說的微迴圈功能是一致的，微迴圈結構的主要功能就是實現血液與組織細胞間水液和其他物質交換，運送營養和排出廢物，因此可以認為，三焦就是人體內的微迴圈結構。東漢張仲景早就說過：“血不利則為水。”(《金匱要略•水氣病》)明代張景嶽更是具體指出：“三焦氣治，則脈絡通而水道利，故曰決瀆之官。”(《類經•卷三》)可見古人從巨集觀上已模糊地感覺到了三焦與微迴圈的關係。
上焦如霧，中焦如漚，下焦如瀆。《靈樞•營衛生會》
【論述】
這句話是論述三焦在人體上、中、下三個部位的不同功能，指出上焦、中焦、下焦是水谷之氣在全身的分化過程和所經行的道路。上焦的作用主要是輸布水谷精氣如血液、營衛之氣等，像霧露蒸騰一樣，這實際上是心肺的作用;中焦的作用主要是將水谷腐熟運化而變成營養，像漚東西一樣，這實際上是脾胃的作用;下焦的作用是排洩廢物，像溝渠一樣，這實際上是腎與膀胱的作用。在《內經》中的其他篇章，也有這樣的論述。如《靈樞•決氣》：“上焦開發，宣五穀味，薰膚，充身，澤毛，若霧露之溉，是謂氣……中焦受氣取汁，變化而赤，是謂血。”《靈樞•營衛生會》：“上焦出於胃上口，並咽以上，貫膈而布胸中，走腋，循太陰之分而行，還至陽明，上至舌，下足陽明，常與營俱行於陽二十五度，行於陰亦二十五度，一週也，故五十度而復大會於手太陰矣……中焦亦並胃中，出上焦之後，此所受氣者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注肺脈，乃化而為血，以奉生身，莫貴於此，故獨得行於經隧，命曰營氣……下焦者，別迴腸，注於膀胱而滲入焉。故水谷者，常並居於胃中，成糟粕而俱下於大腸，而成下焦。滲而俱下，濟泌別汁，循下焦而滲入膀胱焉。”
三焦雖屬六腑之一，但與其他腑有很大不同，故歷代醫家對三焦的看法不一。從此處三焦功能特點來看，三焦當是一個網路全身的大腑。明代張介賓《類經附翼》說：“夫三焦者，五臟六腑之總司。”又說：“夫所謂三者，象三才也，際上極下之謂也。所謂焦者，象火類也，色赤屬陽之謂也，今夫人之一身，外自皮毛，內自臟腑，無巨無名，無細無目，其於腔腹周圍上下全體，狀若大囊者，果何物耶?且其著內一層，形色最赤，象如六合，總護諸陽，是非三焦而何?”這一認識，已經很接近於微迴圈結構了，因為人體內所有臟器皆存在著三焦(微迴圈結構)，故各部分(臟腑)中的三焦功能與該臟腑的功能密不可分，即“三焦者，五臟六腑之總司”。因此，“上焦如霧，中焦如漚，下焦如瀆。”所描述的三焦功能，實際上是上、中、下三個部位的臟腑的功能。
自《難經》以後，又將肝腎精血、命門原氣等都歸屬於下焦，突出了下焦在氣化方面的重要作用。
